La preparación de alimentos en un horno microondas no reduce su valor nutricional, más bien al contrario: puede contribuir a conservar mejor las vitaminas y los minerales, ya que los alimentos se cocinan más rápido y sin la necesidad de agua.
La influencia de estos aparatos en el sabor de las frutas y verduras es escasa, debido a que este tipo de alimentos necesitan gran cantidad de agua para su cocción al ser cocinados tradicionalmente y el agua diluye el sabor. El microondas, al trabajar con poca agua y gracias a su rapidez al cocer los alimentos, apenas desgasta el sabor original. Esta rapidez, sin embargo, no puede producir diferentes texturas como el tostado en las carnes.
Los alimentos dentro del horno microondas se ven sometidos a una radiación no ionizante, por lo que no se altera la estructura de su materia. Además, las llamadas microondas desaparecen al apagar el aparato y no permanecen en los alimentos una vez cocinados.
Estas microondas son fiables, pero habrá que fijarse en que el horno no pierda radiación para no exponernos a ellas. Aunque es enormemente difícil que escapen hacia el exterior porque el cristal tiene una micro malla de metal con los agujeros más pequeños que la anchura de las ondas.