La fuerte tendencia endogámica detectada en los especimenes en cautividad del caimán chino pone en riesgo a la especie, que constituye uno de los reptiles en mayor peligro de extinción del planeta y está considerado un «fósil viviente».
Cada año nacen en la reserva de Xuancheng (provincia oriental de Anhui) unos 1.000 ejemplares. Así, este lugar acoge en total a 10.000 caimanes chinos («Alligator sinensis»), que son descendientes de los primeros 14 que llegaron al centro. Esta falta de diversidad genética genera unos especimenes más débiles de esta especie, protegida por el Estado chino y la convención CITES (Comercio Internacional de Especies en Peligro). «La descendencia producida por padres genéticamente similares es a menudo débil y tiene poca posibilidad de sobrevivir», señaló Wang Chaolin, uno de los funcionarios de la reserva de Xuancheng, sede también del Centro de Investigación de la Propagación del Caimán Chino.
Este centro tiene como principal cometido devolver al caimán del Yangtsé a la vida salvaje, una operación que se llevó a cabo con éxito con nueve ejemplares en 2003 y 2006. Ahora se prevé que esta acción se repita este mismo mes con otros seis. En 2005 quedaban unos 150 especimenes en libertad del caimán del Yangtsé, que se encuentra sólo en China. Si bien la extinción de este animal se atribuye a la polución, lo cierto es que la profusión en el uso de matarratas para acabar con estos roedores, que son el alimento natural del caimán chino, y la conversión de su hábitat para la agricultura han contribuido también a su desaparición.
