En la dieta vegetariana, si no está bien planteada, pueden aparecer deficiencias de ciertos nutrientes aportados en mayor proporción por la carne y el pescado en la alimentación tradicional, como hierro, zinc y vitamina B12, especialmente durante el embarazo y etapas de crecimiento y desarrollo, puesto que las necesidades están aumentadas; con el consiguiente riesgo de desarrollar anemia. El aporte de calcio y vitamina D también puede verse comprometido si no se respetan las raciones recomendadas de lácteos.
Si el régimen vegetariano llega a ser exclusivamente cerealista (dieta macrobiótica) resulta muy desequilibrado. La calidad de la proteína es baja al ser los cereales deficitarios en un aminoácido esencial (lisina). Existe el riesgo de que aparezcan carencias de ciertas vitaminas: vitamina A (lesiones en piel y ojos), vitamina D (raquitismo), vitamina B12 (anemia), vitamina C (escorbuto). La reducida absorción de calcio y hierro de origen vegetal se ve dificultada por la presencia de ácido fítico o fitatos en las envueltas de los cereales, aumentando el riesgo de aparición de raquitismo y anemia. Además, este tipo de dieta limita excesivamente el consumo de líquidos, lo que compromete el normal funcionamiento de los riñones.