El ganado bovino es el principal reservorio de colonias de E.coli y el origen de la infección que provoca esta bacteria, sobre todo, la especie E.coli 0157:H7, productora de una toxina que también afecta a los humanos. Para evitar la contaminación en los productos cárnicos, se han elaborado un conjunto de buenas prácticas de manipulación. El control de esta especie de bacteria debe empezar en las instalaciones donde está el ganado, considerado el punto más importante para disminuir la incidencia de infección en el consumidor. Vacunas y antibióticos podrían ser eficaces para erradicar la toxina, pero en ocasiones estas opciones se han desestimado, ya que hay peligro de vacunas. Una de ellas contiene células de una cepa de E. coli 0157:H7 capaz de producir una gran cantidad de proteínas inmunogénicas con una cualidad específica: estimular una respuesta inmunológica que impide la colonización de E. coli en el tracto gastrointestinal de los animales.
Para sacar al mercado esta vacuna se han realizado pruebas piloto a terneros Holstein. Algunos de ellos se inmunizaron a los tres meses de edad. Semanas después, los animales recibieron una dosis de E. coli 0157:H7 para poder evaluar la respuesta de la vacuna. El análisis de los animales veinte días después indicó un nivel reducido o casi nulo de E.coli. Estas técnicas están en fase de estudio y se prevé utilizarlas en un futuro.
Algunas hierbas o especias que se utilizan de forma habitual para dar sabor a los alimentos, como la canela, el tomillo o el clavo, pueden servir también como agente antimicrobiano en los alimentos. Los aceites y los compuestos extraídos de estas plantas son los responsables de este poder contra la colonización de bacterias, sobre todo, de la E. coli 0157:H7.
Uno de los principales desarrollos en este campo es poder elaborar una película comestible elaborada con puré de espinaca mezclado con carvacrol, un aceite esencial, para competir con la presencia de E.coli en los alimentos de consumo. Los investigadores evalúan los resultados después de añadir pequeños trozos de esta película (a base de espinaca con una elevada dosis de carvacrol) a las bolsas de hojas de espinacas frescas y listas para consumir que se venden en los comercios. Esta mezcla podría ayudar a las espinacas, en este caso, a protegerse de la E. coli.